# Segmentacja narządów i zmian na obrazach medycznych

EN: **Medical image segmentation** · id `medsegmentation` · aliases: organ segmentation, tumor segmentation, segmentacja medyczna, konturowanie, auto-contouring

Path: [AI Atlas](https://aiatlasgraph.com/llms.txt) › [AI w medycynie i ochronie zdrowia](https://aiatlasgraph.com/t/healthai.md) › [Analiza obrazów medycznych](https://aiatlasgraph.com/t/medimaging.md) › Segmentacja narządów i zmian na obrazach medycznych

## Description

- PL: Przypisywanie każdemu wokselowi obrazu 2D lub 3D etykiety narządu albo zmiany, m.in. do planowania radioterapii, wolumetrii i chirurgii.
- EN: Assigning each voxel of a 2D or 3D image an organ or lesion label, for radiotherapy planning, volumetry and surgery among others.

## In one sentence

- PL: Program obrysowuje na tomografii lub rezonansie dokładne granice narządu albo guza, punkt po punkcie i warstwa po warstwie.
- EN: Software that outlines the exact edges of an organ or tumour on a 3D body scan, point by point and slice by slice.

## Problem it solves

- PL: Ręczne obrysowanie guza i narządów przed radioterapią zajmuje lekarzowi godziny, a każdy lekarz rysuje trochę inaczej.
- EN: Hand-drawing a tumour and nearby organs before radiotherapy takes a doctor hours, and every doctor draws slightly differently.

## What it does

- PL: Jak kolorowanka, w której ktoś już narysował kontury: lekarz dostaje gotowy obrys i tylko poprawia fragmenty.
- EN: Like a colouring book with the outlines already drawn: the doctor gets a ready contour and only fixes parts of it.

## Everyday example

- PL: Przed naświetlaniem program zaznacza guz i pobliskie narządy, które trzeba oszczędzić, a lekarz w kilka minut poprawia drobne fragmenty.
- EN: Before radiotherapy, software marks the tumour and nearby organs to be spared, and the doctor fixes small parts in minutes.

## This concerns you if you…

- PL: ty lub bliska osoba przechodzicie radioterapię
- PL: mierzysz objętość narządów lub zmian w badaniach naukowych
- EN: you or someone close is having radiotherapy
- EN: measure organ or lesion volumes in research

## Keywords

nnU-Net · 3D U-Net · MONAI · TotalSegmentator · MedSAM · Medical Segmentation Decathlon · Dice loss · Hausdorff distance

## How it works

- PL: Dominują sieci typu U-Net (2D, 3D i kaskadowe) uczone stratą Dice i entropią krzyżową na obrazach z ręcznymi konturami. nnU-Net sam dobiera preprocessing, rozmiar łatki, architekturę i trening do zbioru danych, więc jest mocną bazą w wielu konkursach. Wyniki ocenia się współczynnikiem Dice i odległością Hausdorffa.
- EN: U-Net-style networks (2D, 3D and cascaded) dominate, trained with Dice and cross-entropy loss on hand-contoured images. nnU-Net configures preprocessing, patch size, architecture and training for each dataset, making it a strong baseline in many challenges. Results are scored with the Dice coefficient and Hausdorff distance.

## Limits

- PL: Wymaga dokładnych konturów, które są kosztowne i różnią się między ekspertami. Obrazy 3D zużywają dużo pamięci GPU. Błędy w małych, ale ważnych strukturach giną w uśrednionym wyniku Dice, więc obrys trzeba przejrzeć.
- EN: It needs precise contours that are costly and vary between experts. 3D images use a lot of GPU memory. Errors in small but critical structures vanish in an averaged Dice score, so contours must be reviewed.

## Key terms

- PL: **woksel**: Trójwymiarowy odpowiednik piksela w obrazie z tomografii lub rezonansu.
- PL: **współczynnik Dice**: Miara pokrycia obrysu modelu z obrysem eksperta, od 0 do 1.
- PL: **konturowanie**: Obrysowywanie guza i narządów przed planowaniem radioterapii.
- EN: **voxel**: The 3D counterpart of a pixel in a CT or MRI image.
- EN: **Dice coefficient**: Overlap between the model's and the expert's outline, from 0 to 1.
- EN: **contouring**: Outlining the tumour and organs before radiotherapy planning.

## Know first

- [Segmentacja semantyczna (Semantic segmentation)](https://aiatlasgraph.com/t/semanticseg.md)
- [Głębokie architektury konwolucyjne (ResNet, U-Net) (Deep convolutional architectures (ResNet, U-Net))](https://aiatlasgraph.com/t/cnnarchs.md)

## Related topics

Untyped, symmetric "see also" links.

- [Segmentacja na wskazanie (Segment Anything) (Promptable segmentation)](https://aiatlasgraph.com/t/promptseg.md)

## Sources

- [nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation](<https://arxiv.org/abs/1809.10486>) `nnunet-2018` · by Fabian Isensee, Jens Petersen, André Klein i in. (DKFZ), Klaus H. Maier-Hein

---

AI Atlas revision 122 (2026-10-30) · HTML: https://aiatlasgraph.com/t/medsegmentation · index: https://aiatlasgraph.com/llms.txt · everything: https://aiatlasgraph.com/llms-full.txt · updated 2026-10-30