# Generowanie nowych cząsteczek

EN: **De novo molecule generation** · id `moleculegen` · aliases: de novo drug design, molecular generation, generative chemistry, projektowanie leków de novo

Path: [AI Atlas](https://aiatlasgraph.com/llms.txt) › [AI w nauce](https://aiatlasgraph.com/t/aiscience.md) › [Chemia i odkrywanie leków](https://aiatlasgraph.com/t/chemistry.md) › Generowanie nowych cząsteczek

## Description

- PL: Modele generatywne (językowe na SMILES, grafowe, dyfuzyjne w 3D) i optymalizacja z nagrodą do proponowania nowych związków, także wprost w kieszeni wiążącej białka.
- EN: Generative models (SMILES language models, graph models, 3D diffusion) and reward-driven optimisation for proposing new compounds, including directly inside a protein's binding pocket.

## In one sentence

- PL: Wymyślanie przez model zupełnie nowych cząsteczek o pożądanych cechach zamiast przeszukiwania gotowych katalogów.
- EN: A model inventing brand-new molecules with the traits you want instead of searching existing catalogues.

## Problem it solves

- PL: Katalogi znanych związków pokrywają ułamek możliwej chemii, więc najlepszej cząsteczki może w nich po prostu nie być.
- EN: Catalogues of known compounds cover a sliver of possible chemistry, so the best molecule may simply not be in them.

## What it does

- PL: Jak architekt szkicujący budynki pod wymagania klienta: model proponuje struktury i poprawia je według oceny właściwości.
- EN: Like an architect sketching buildings to a client's brief: the model proposes structures and refines them according to property scores.

## Everyday example

- PL: Chemik zadaje cel: cząsteczka mocno wiążąca wybrane białko, ale łatwa do syntezy, i dostaje listę propozycji do oceny.
- EN: A chemist sets a goal — a molecule that binds a chosen protein tightly yet is easy to make — and gets a list of proposals to review.

## This concerns you if you…

- PL: szukasz cząsteczek, których nie ma w katalogach
- PL: optymalizujesz kilka właściwości związku naraz
- EN: are after molecules that are not in any catalogue
- EN: optimise several properties of a compound at once

## Keywords

REINVENT · SMILES · SELFIES · GuacaMol · MOSES · structure-based drug design · synthesizability · DiffSBDD

## How it works

- PL: Generator uczy się rozkładu znanych cząsteczek, a potem jest sterowany ku celowi: przez RL z funkcją oceny (np. REINVENT), optymalizację w przestrzeni ukrytej lub warunkowanie. Modele świadome celu generują ligand w 3D bezpośrednio w kieszeni białka.
- EN: A generator learns the distribution of known molecules and is then steered towards a goal: by RL with a scoring function (e.g. REINVENT), latent-space optimisation or conditioning. Target-aware models generate a 3D ligand directly inside the protein pocket.

## Limits

- PL: Funkcje oceny są przybliżone, więc generator łatwo je „oszukuje”. Wiele propozycji jest niesyntezowalnych lub niestabilnych, a wyniki benchmarków słabo przekładają się na sukces w laboratorium.
- EN: Scoring functions are approximate, so the generator easily 'games' them. Many proposals are unsynthesisable or unstable, and benchmark scores translate poorly into lab success.

## Key terms

- PL: **przestrzeń chemiczna**: Zbiór wszystkich możliwych cząsteczek, po którym porusza się generator.
- PL: **syntezowalność**: Czy i jak łatwo cząsteczkę da się faktycznie wytworzyć.
- PL: **funkcja oceny**: Liczba mówiąca generatorowi, jak dobra jest propozycja.
- EN: **chemical space**: The set of all possible molecules a generator moves through.
- EN: **synthesisability**: Whether, and how easily, a molecule can actually be made.
- EN: **scoring function**: A number telling the generator how good a proposal is.

## Know first

- [Gradient polityki (REINFORCE) (Policy gradient methods (REINFORCE))](https://aiatlasgraph.com/t/policygradient.md)
- [Autoenkodery wariacyjne (VAE) (Variational autoencoders (VAE))](https://aiatlasgraph.com/t/vae.md)

## Related topics

Untyped, symmetric "see also" links.

- [Obchodzenie celu: reward hacking i służalczość (Reward hacking, specification gaming and sycophancy)](https://aiatlasgraph.com/t/rewardhacking.md)

## Sources

- [A Survey of Generative AI for De Novo Drug Design: New Frontiers in Molecule and Protein Generation](<https://arxiv.org/abs/2402.08703>) `genai-drug-design-survey-2024`

---

AI Atlas revision 122 (2026-10-30) · HTML: https://aiatlasgraph.com/t/moleculegen · index: https://aiatlasgraph.com/llms.txt · everything: https://aiatlasgraph.com/llms-full.txt · updated 2026-10-30