# Modele bazowe pojedynczych komórek

EN: **Single-cell foundation models** · id `singlecellfm` · aliases: single-cell foundation models, modele bazowe pojedynczych komórek

Path: [AI Atlas](https://aiatlasgraph.com/llms.txt) › [AI w nauce](https://aiatlasgraph.com/t/aiscience.md) › [Białka i biologia molekularna](https://aiatlasgraph.com/t/biomolecules.md) › Modele bazowe pojedynczych komórek

## Description

- PL: Transformery pretrenowane samonadzorowo na profilach ekspresji z sekwencjonowania pojedynczych komórek, dostrajane do adnotacji, integracji i analizy sieci genów.
- EN: Transformers pretrained self-supervised on single-cell expression profiles, fine-tuned for annotation, integration and gene-network analysis.

## In one sentence

- PL: Duże modele uczone na zapisach aktywności genów w milionach pojedynczych komórek, które rozpoznają typy komórek i ich stany.
- EN: Large models trained on gene-activity records from millions of individual cells that recognise cell types and states.

## Problem it solves

- PL: Biolodzy dostają dane z setek tysięcy komórek naraz i tygodniami ręcznie ustalają, która jest która i co się z nią dzieje.
- EN: Biologists get data from hundreds of thousands of cells at once and spend weeks working out which cell is which and what is happening.

## What it does

- PL: Jak model językowy, tylko słowami są geny: uczy się, które geny zwykle włączają się razem, i z tego rozumie charakter komórki.
- EN: Like a language model whose words are genes: it learns which genes usually switch on together and from that grasps a cell's character.

## Everyday example

- PL: Laboratorium badające nowotwór w godzinę oznacza typy komórek w próbce guza, porównując je z atlasem zdrowych tkanek.
- EN: A cancer lab labels the cell types in a tumour sample within an hour by comparing them with an atlas of healthy tissue.

## This concerns you if you…

- PL: pracujesz z danymi biologicznymi z wielu komórek
- PL: chcesz zobaczyć, jak pomysł modeli językowych przenosi się do biologii
- EN: work with biological data from many cells
- EN: want to see how the language-model idea carries over to biology

## Keywords

scGPT · Geneformer · scRNA-seq · CELLxGENE · cell type annotation · batch integration · perturbation prediction · virtual cell

## How it works

- PL: Każda komórka staje się sekwencją tokenów genów z poziomem ekspresji; model przewiduje zamaskowane geny, ucząc się ich współzależności. Osadzenia komórek służą do mapowania na atlasy referencyjne, korekty efektów partii i adnotacji typów, a uwaga między genami podpowiada sieci regulacji.
- EN: Each cell becomes a sequence of gene tokens with expression levels; the model predicts masked genes, learning their co-dependencies. Cell embeddings support mapping to reference atlases, batch-effect correction and type annotation, while gene–gene attention hints at regulatory networks.

## Limits

- PL: Dane z różnych laboratoriów i technologii mocno się różnią, więc przenoszenie modelu wymaga kontroli efektów partii i walidacji na nowym zbiorze. Nie wszystkie zadania biologii pojedynczych komórek są zaimplementowane lub zweryfikowane w każdej wersji modelu.
- EN: Data from different labs and technologies vary strongly, so transferring a model requires batch-effect control and validation on the new dataset. Not every single-cell biology task is implemented or validated in every model version.

## Key terms

- PL: **ekspresja genu**: Jak mocno dany gen jest aktywny w komórce.
- PL: **efekt partii**: Różnice w danych wynikające z laboratorium, nie z biologii.
- PL: **atlas komórek**: Opisany zbiór referencyjny typów komórek z wielu tkanek.
- EN: **gene expression**: How strongly a given gene is active in a cell.
- EN: **batch effect**: Data differences caused by the lab, not by biology.
- EN: **cell atlas**: A labelled reference collection of cell types across tissues.

## Know first

- [Enkoder, dekoder i enkoder–dekoder (BERT, GPT, T5) (Encoder-only, decoder-only and encoder–decoder models)](https://aiatlasgraph.com/t/transformerfamilies.md)
- [Reprezentacje i embeddingi (Representation learning)](https://aiatlasgraph.com/t/representations.md)

## Related topics

Untyped, symmetric "see also" links.

- [Modele językowe białek i genomów (Protein and genomic language models)](https://aiatlasgraph.com/t/bioseqmodels.md)

## Sources

- [scGPT – code repository (bowang-lab/scGPT); paper: scGPT: Towards Building a Foundation Model for Single-Cell Multi-omics Using Generative AI](<https://github.com/bowang-lab/scGPT>) `scgpt-github` · by Haotian Cui, Chloe Wang, Hassaan Maan, Kuan Pang, Fengning Luo, Bo Wang

---

AI Atlas revision 122 (2026-10-30) · HTML: https://aiatlasgraph.com/t/singlecellfm · index: https://aiatlasgraph.com/llms.txt · everything: https://aiatlasgraph.com/llms-full.txt · updated 2026-10-30